Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in (Doktorand/in) (m/w/d) / 13694

Aufgaben

Eine breite Palette molekularer Techniken, einschließlich Molekularbiologie, PCR, DNA/RNA-Isolierung, Proteinisolierung und Western Blotting sowie CRISPR/Cas9.

• ctDNA (z. B. Illumina) und allelspezifische Long-Read-Sequenzierung (ONT) zur Kartierung sekundärer und tertiärer KIT/PDGFRA-Resistenzmutationen und zur Auflösung ihrer cis/trans-Konfiguration.
• Bioinformatische Analysen (z. B. NGS, WGS, Methylierungsprofilierung).
• Dokumentation und Interpretation von Forschungsergebnissen sowie Vorbereitung von Präsentationen, Vorträgen und Postern.
• Etablierung und Pflege von menschlichen Zellkulturen, funktionellen In-vitro-Assays und potenziell In-vivo-Experimenten.

Dekodierung und gezielte Bekämpfung von Arzneimittelresistenzen bei gastrointestinalen Stromatumoren (GIST).

Gastrointestinale Stromatumoren (GIST) sind das Paradebeispiel für einen onkogen-abhängigen Krebs: Fast alle sind auf aktivierende Mutationen in den Rezeptortyrosinkinasen KIT oder PDGFRA zurückzuführen. Kinaseinhibitoren haben die Behandlung der Erkrankung revolutioniert, doch praktisch alle metastasierten Patienten entwickeln schließlich eine Progression, und diejenigen, die die letzte zugelassene Therapielinie nicht vertragen, haben eine mediane Überlebenszeit von etwa sechs Monaten. Das Verständnis – und die Überwindung – von Resistenzen ist daher eine der folgenreichsten Fragen auf diesem Gebiet.

Wir und andere haben kürzlich gezeigt, dass KIT über alle Behandlungslinien hinweg der dominierende Treiber bleibt und dass die Resistenz durch zwei Prinzipien geprägt ist: räumliche Heterogenität zwischen Klonen mit ATP-Bindungstaschen- (AP) oder Aktivierungsschleifen- (AL) Mutationen – die kein einzelnes Medikament kontrolliert – und pan-resistente AP/AL-Kombinationsmutationen in cis, die jedem zugelassenen Wirkstoff entkommen und für das routinemäßige NGS unsichtbar sind, was für ihre Detektion eine allelspezifische Long-Read-Sequenzierung erfordert (Heinrich et al., Nature Medicine 2024; Mühlenberg et al., JCO 2024; Grunewald et al., Cancer Discovery 2021).

Das PATHFINDERS-Konsortium, finanziert von der Deutschen Krebshilfe, baut auf diesen Erkenntnissen auf, um für jeden Patienten eine individuelle „Resistenzkarte“ zu erstellen, die zirkulierende Tumor-DNA (ctDNA), Long-Read-Sequenzierung, funktionelle Bildgebung und longitudinales Tumor-Tracking integriert – und so die Molekularbiologie in adaptive, multimodale Behandlungsentscheidungen umwandelt. Die ausgeschriebene Stelle ist in den Kernbereich Molekularprofilierung und Modellentwicklung der Translationalen Sarkomforschungsgruppe eingebettet und interagiert auch mit lokalen und konsortialen Partnern in Münster und Lübeck.

Ihr Projekt
Sie werden die molekulare Architektur der Resistenz bei stark vorbehandelten GIST-Patienten sezieren und in experimentelle Modelle übersetzen. Die zentralen Fragen: Wie verteilen sich AP-, AL- und AP/AL-Kombinationsmutationen über die Klone eines Patienten und im Laufe der Zeit? Kann die Flüssigbiopsie und die Long-Read-Sequenzierung den allelen (cis) Kontext der Resistenz nicht-invasiv auflösen? Und welche therapeutischen Schwachstellen entstehen, sobald die vollständige Resistenzphylogenie rekonstruiert ist?

Profil

• Ein Master-Abschluss in Molekularbiologie, Biochemie, Biomedizin oder einem verwandten Fachgebiet.
• Solide praktische Erfahrung in Molekular- und Zellbiologie (z. B. Klonierung, qPCR, Sequenzierungsbibliotheksvorbereitung, Zellkultur); Erfahrung mit NGS/Long-Read-Daten oder grundlegender Bioinformatik ist ein starker Pluspunkt.
• (Grundlegende) Programmiererfahrung (R und/oder Python) ist wünschenswert.
• Erfahrung mit In-vivo-Mausmodellen und/oder eine FELASA B-Zertifizierung ist wünschenswert.
• Starke analytische Denkweise, die Fähigkeit, Experimente zu entwerfen und komplexe Datensätze zu interpretieren, sowie die Fähigkeit, selbstständig zu arbeiten.
• Echte Neugier auf translationale Krebsbiologie und die Motivation, die Lücke zwischen Labor und Klinik zu schließen.
• Sehr gute schriftliche und mündliche Englischkenntnisse.

Wir bieten

• Einen sicheren Arbeitsplatz im öffentlichen Dienst des Landes NRW.
• Faire Bezahlung nach Tarif (TV-L) inkl. Jahressonderzahlung und betrieblicher Zusatzversorgung.
• 30 Tage Urlaub im Kalenderjahr (bei einer 5-Tage-Woche).
• Interdisziplinäres Arbeiten mit Kolleginnen und Kollegen aus anderen Fachbereichen.
• Arbeiten mit moderner Ausstattung und zertifizierten Qualitätsstandards.
• Familienfreundliche Unternehmenskultur, z. B. Betriebskindertagesstätte, Ferienprogramm für schulpflichtige Kinder, Beratung und Unterstützung durch die Abteilung für Familie & Gesundheit in allen Lebenslagen.
• Vielfältige Fort- und Weiterbildungsmöglichkeiten, bspw. in der Bildungsakademie des UK Essen.
• Gesundheitsmanagement, z. B. Betriebliches Eingliederungsmanagement, Impfungen, Förderung von Sportangeboten.
• Attraktive Zusatzleistungen, bspw. vergünstigtes Kantinenessen, Gemeinschaftsevents, Wohnheimplätze.

Rahmenbedingungen

Die Eingruppierung richtet sich nach den persönlichen und tariflichen Voraussetzungen. Schwerbehinderte Bewerberinnen / Bewerber und Gleichgestellte i.S. des § 2 Abs. 3 SGB IX werden bei gleicher Eignung bevorzugt berücksichtigt. Die ausgeschriebene Stelle ist grundsätzlich auch für Teilzeitbeschäftigte geeignet. Im Falle einer schriftlichen Bewerbung reichen Sie Ihre Unterlagen nur als unbeglaubigte Kopien ein und verwenden Sie keine Mappen, da keine Rückgabe erfolgt. Eine Vernichtung entlang der datenschutzrechtlichen Bestimmungen wird zugesichert. Das UK Essen strebt eine Erhöhung des Frauenanteils in Bereichen an, in denen Frauen unterrepräsentiert sind. Sie werden zur Bewerbung aufgefordert und im Sinne des LGGs bei gleicher Qualifikation vorrangig berücksichtigt. Eine Bescheinigung gemäß §23a Infektionsschutzgesetz (IfSG) über den Impf- und Serostatus bzgl. Masern ist erforderlich.