Prof. Dr. Andreas Raue - Beamtenverhältnis (Wissenschaftliche/r Mitarbeiter/in)

Kurzbeschreibung der Position

Die Stelle als wissenschaftliche Mitarbeiterin / wissenschaftlicher Mitarbeiter (m/w/d) auf Postdoc-Niveau ist im Umfang der regelmäßigen Arbeitszeit im Beamtenverhältnis auf Zeit für die Dauer von drei Jahren zu besetzen. Eine Verstetigung im Rahmen eines Beamtenverhältnisses auf Probe/Lebenszeit wird im Anschluss angestrebt.

Hauptaufgaben

• wissenschaftliche und organisatorische Mitwirkung in der ABC Core Facility mit Schwerpunkt auf der Analyse von Einzelzell-Sequenzierungsdaten (z. B. scRNA-seq, scATAC-seq, multimodale Einzelzell-Daten) sowie Bulk-NGS-Daten aus Normal- und Tumorgewebe.
• proaktive Beratung und Unterstützung von Forschungsprojekten an der Universität Augsburg und Partnerinstitutionen (UKA), insbesondere hinsichtlich Studiendesign, Analysekonzepten und Interpretation von Sequenzierungsdaten.
• Entwicklung, Anpassung und Anwendung bioinformatischer Workflows für Einzelzell-, Bulk-Transkriptom- und verwandte Omics-Analysen.
• Beitrag zur Integration von Einzelzell-Daten mit Bulk-Omics-, klinischen und phänotypischen Daten.
• Sicherstellung von Dokumentation, Reproduzierbarkeit und Qualitätssicherung der eingesetzten Analysepipelines.
• Mitwirkung in der Lehre und Durchführung von Schulungen bzw. Workshops im Rahmen der institutionellen Anforderungen.
• Unterstützung wissenschaftlicher Publikationen durch hochwertige Datenanalyse und Visualisierung.

Qualifikationen und Fähigkeiten

• Abgeschlossenes Promotionsstudium (PhD) in Bioinformatik, Computational Biology, Systembiologie, Data Science oder einem verwandten Fachgebiet.
• Nachgewiesene Expertise in der Analyse von Einzelzell-Sequenzierungsdaten.
• Fundierte Programmierkenntnisse, vorzugsweise in Python und/oder R, sowie Erfahrung mit etablierten bioinformatischen Tools und Frameworks.
• Erfahrung mit Workflow-Management-Systemen (z. B. Snakemake, Nextflow) und kontrollierten Softwareumgebungen (z. B. Docker, Singularity, Conda).
• Starkes Interesse an interdisziplinärer Zusammenarbeit, insbesondere an der Schnittstelle zwischen Medizin, Biologie und Informatik.
• Erfahrung im Umgang mit HPC-Umgebungen und großen Datensätzen.
• Selbstständige, zuverlässige und serviceorientierte Arbeitsweise in einer Core-Facility-Struktur.
• Sehr gute Englischkenntnisse; Grundkenntnisse der deutschen Sprache werden vorausgesetzt.

Arbeitsort / Rahmenbedingungen

• Möglichkeiten zu eigenständigem Arbeiten und Übernahme von Verantwortung.
• Eine wissenschaftlich anspruchsvolle Postdoc-Position in einer etablierten und kooperativen Bioinformatik-Core-Facility.
• Aktive Mitgestaltung und intellektuelle Beteiligung an hochrelevanten Einzelzell- und Multi-Omics-Forschungsprojekten mit klinischer und translationaler Bedeutung.
• Zugang zu modernen Einzelzell-Technologien, leistungsfähiger HPC-Infrastruktur und aktuellen bioinformatischen Workflows.
• Enge Zusammenarbeit mit interdisziplinären Teams aus Biologie, Medizin und Informatik.
• Möglichkeiten zur fachlichen Weiterentwicklung, u. a. durch Fortbildungen, Konferenzteilnahmen und Methodenentwicklung.
• Flexible und familienfreundliche Arbeitsbedingungen in einem internationalen Forschungsumfeld.
• Einstellung und Besoldung nach Besoldungsgruppe A 13 gemäß den geltenden beamtenrechtlichen Regelungen; zunächst im Beamtenverhältnis auf Zeit auf drei Jahre befristet, mit Option auf Entfristung in einem Beamtenverhältnis auf Probe/Lebenszeit.
• Ein sicheres, inklusives und anregendes Arbeitsumfeld an einer öffentlichen Forschungseinrichtung.