PhD / PostDoc (m/f/d) Bioinformatics

Über UKSH

Das Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH) verbindet internationale Spitzenforschung mit interdisziplinärer Patientenversorgung. Wir sind der einzige Maximalversorger des Landes und sein größter Arbeitgeber. Unsere rund 17.500 Mitarbeiter*innen gewährleisten eine hochgradig personalisierte Versorgung – die für die Menschen in Schleswig-Holstein unverzichtbar ist.

Das Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH) mit seinen Standorten in Kiel und Lübeck ist eines der größten medizinischen Versorgungszentren Europas. Es dient der Sicherstellung der maximalen medizinischen Versorgung im nördlichsten Bundesland und garantiert medizinisch-technische Versorgung auf höchstem Niveau, insbesondere für Patient*innen, die eine hochdifferenzierte Diagnostik und Therapie benötigen. Das Besondere der Universitätsmedizin ist das Zusammenspiel von Krankenversorgung, Forschung und Lehre mit dem Ergebnis, dass wissenschaftliche Erkenntnisse direkt in das Gesundheitssystem einfließen.

Unsere Forschung zielt darauf ab, neuartige diagnostische und therapeutische Strategien für chronisch-entzündliche Erkrankungen, einschließlich entzündlicher Darm-, Leber-, Lungen- und Hauterkrankungen, zu entwickeln. Dazu untersuchen wir die zellulären und molekularen Mechanismen, die der Immunregulation in verschiedenen Krankheitskontexten zugrunde liegen, und setzen modernste Technologien ein, um menschliche Immunzellen umfassend zu charakterisieren, mit besonderem Schwerpunkt auf antigenspezifischen CD4+-T-Zellen. Ein Hauptaugenmerk unserer Forschung liegt auf der Integration hochdimensionaler Einzelzell- und Immunrepertoire-Daten. Unsere Gruppe kombiniert die Anreicherung seltener antigenspezifischer CD4+-T-Zellen mit multidimensionaler Durchflusszytometrie, Einzelzell-RNA-Sequenzierung, T-Zell-Rezeptor-Sequenzierung und ATAC-Sequenzierung, um zelluläre Zustände, Immunzelldifferenzierung, Klonalität und Regulationsmechanismen in Gesundheit und Krankheit zu untersuchen.

Aufgaben

Als Doktorandin / Postdoktorandin in Bioinformatik sind Sie ein integraler Bestandteil der Forschungsaktivitäten innerhalb unserer Gruppe. Sie werden eigenständige Forschungsprojekte entwickeln und verfolgen und auch zu einer Vielzahl von Kooperationsprojekten beitragen, an denen verschiedene Mitglieder der Gruppe beteiligt sind. Ihre Arbeit wird sich auf die computergestützte Analyse, Integration und Interpretation hochdimensionaler Sequenzierungsdaten konzentrieren, mit besonderem Schwerpunkt auf:

• Analyse von Einzelzell-RNA-Sequenzierungs-, T-Zell-Rezeptor-Sequenzierungs- und ATAC-Sequenzierungsdaten
• Integration von Transkriptom-, TCR-, epigenetischen und Durchflusszytometriedaten zur Charakterisierung von Immunzellzuständen und Regulationsmechanismen
• Entwicklung und Anwendung reproduzierbarer bioinformatischer Workflows und Analyse-Pipelines, einschließlich Datenvisualisierung und -interpretation
• Aktiver Beitrag zu verschiedenen Kooperationsprojekten innerhalb der Gruppe, einschließlich der Planung und des Designs computergestützter Analysen in enger Zusammenarbeit mit experimentellen Wissenschaftler*innen

Profil

• Hochschulabschluss (Master oder gleichwertig) in Bioinformatik, Computerbiologie, Biologie, Biostatistik, Datenwissenschaft oder einem verwandten Fachgebiet; abgeschlossene Promotion für Postdoc-Positionen erforderlich
• Starkes Interesse an Einzelzell-Omics, Immunologie und computergestützter Analyse biologischer Daten
• Erfahrung mit Next-Generation-Sequenzierungstechnologien (z.B. scRNA-seq, TCR-seq oder ATAC-seq) ist wünschenswert
• Gute Programmierkenntnisse in R und/oder Python, einschließlich der Entwicklung, Anpassung und Dokumentation von computergestützten Workflows
• Hohes Maß an Engagement, Eigenständigkeit, Organisationstalent und Verantwortungsbewusstsein, zusammen mit ausgeprägten Kommunikationsfähigkeiten in Englisch und der Fähigkeit zur effektiven Zusammenarbeit mit experimentellen und klinischen Teams

Wir bieten

• Die Vergütung erfolgt nach dem deutschen Tarifvertrag TV-L (TV-L E13, Doktorand*in 65%, Postdoc 100%)
• Eine Vollzeitstelle, derzeit 38,5 Stunden/Woche; Teilzeitbeschäftigung kann im Rahmen bestimmter Arbeitszeitmodelle vereinbar sein
• Außergewöhnliche technische Infrastruktur, insbesondere für multidimensionale Durchflusszytometrie und für Next-Generation-Sequenzierung am Institut für Medizinische Immunologie und dem Zentrum für Molekulare Biowissenschaften (ZMB)
• Ein faszinierendes Forschungsumfeld zur Untersuchung grundlegender Prozesse menschlicher Immunreaktionen mit direkten Auswirkungen auf immunvermittelte Erkrankungen
• Eine systematische Einarbeitung, um selbstständig in einem anspruchsvollen und vielfältigen Forschungsfeld zu arbeiten
• Die Möglichkeit, in einem engagierten, unterstützenden und internationalen Forschungsteam zu arbeiten
• Ein umfangreicher Pool an hochentwickelten Methoden und komplexen Laborinstrumenten

Rahmenbedingungen

• Start in unserem Team ab dem 1. Februar 2027.
• Die Position ist zunächst auf zwei Jahre befristet, mit der Möglichkeit einer Verlängerung.

Bewerbung

Bitte bewerben Sie sich mit Lebenslauf, Motivationsschreiben mit Angabe der Forschungs- und Karriereinteressen, Kopien der Bildungsnachweise und zwei Empfehlungsschreiben bis zum 29.10.2026 unter Angabe der Stellenausschreibungsnummer 29445 über den Bewerbungslink zur Originalanzeige.