Forschungssoftwareentwickler/in / Postdoktorand/in (w/m/d) Analyse von Calcium-Imaging-Daten und Weiterentwicklung eines Zebrafisch-Hirnatlas

Leibniz-gemeinschaft – Magdeburg

Kurzbeschreibung der Position

Das Leibniz-Institut für Neurobiologie (LIN) Magdeburg sucht eine motivierte Persönlichkeit mit starkem Hintergrund in wissenschaftlicher Programmierung und Bilddatenanalyse zur Unterstützung der Forschung an neuronalen Schaltkreisen im Gehirn.

Hauptaufgaben

  • Entwicklung und Pflege von Software-Tools zur Analyse großskaliger Calcium-Imaging-Datensätze
  • Weiterentwicklung und Erweiterung des offenen Zebrafisch-Gehirnatlas Z-BRAIN
  • Implementierung und Optimierung von Registrierungsalgorithmen, um anatomische und funktionelle Bilddaten zuverlässig auf den Atlas abzubilden
  • Entwicklung reproduzierbarer Datenanalyse-Pipelines in Python
  • Unterstützung der Arbeitsgruppe bei der Organisation und Analyse großer Imaging-Datensätze
  • Dokumentation und Veröffentlichung von Code als Open-Source-Software

Qualifikationen und Fähigkeiten

  • Abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium (Master) in Bioinformatik, Informatik, Computational Neuroscience, Physik oder einem verwandten Fach
  • Erfahrung im Umgang mit Z-BRAIN und Aufbereitung von Daten zur Einpflege in den Atlas
  • Sehr gute Programmierkenntnisse in Python
  • Erfahrung mit wissenschaftlicher Bilddatenanalyse und großen Datensätzen
  • Kenntnisse in Bildregistrierung, Machine Learning oder Computer Vision sind von Vorteil
  • Interesse an neurobiologischen Fragestellungen und offenen wissenschaftlichen Softwareprojekten
  • Fähigkeit, sowohl selbstständig als auch im interdisziplinären Team zu arbeiten

Arbeitsort / Rahmenbedingungen

  • Mitarbeit an einem international sichtbaren Open-Science-Projekt für die Zebrafisch-Neurobiologie
  • Zugang zu modernsten in vivo Imaging-Technologien und großen Datensätzen
  • Ein interdisziplinäres Umfeld an der Schnittstelle von Neuroscience, Data Science und Softwareentwicklung
  • Möglichkeiten zur Weiterentwicklung eigener Softwareprojekte und wissenschaftlicher Zusammenarbeit
  • Ein internationales, kollaboratives Forschungsumfeld am Leibniz Institut für Neurobiologie in Magdeburg.